截止2006年底，累计认证无公害农产品23636个，总量1.44亿吨；认定无公害农产品产地30255个，其中种植业面积3.5亿亩。全国有效使用绿色食品标志企业总数达到4615家，产品总数达到12868个，总量7200万吨，产地环境监测面积1.5亿亩。有机食品认证企业总数达到520家，产品总数达到2278个，总量1956万吨，认证面积4664万亩。
几年来，各地充分发挥环境和资源优势，不断加大工作推动力度，全面加快产品开发步伐，切实加强监督管理，全力打造品牌形象，无公害农产品、绿色食品和有机食品实现了既好又快地发展，呈现出了以下四个方面的特点：
发展速度持续加快。
2003年以来，在政府推动与市场拉动的双重作用下，无公害农产品、绿色食品和有机食品产品年均增长速度达到83%，实物总量扩大了4.3倍，现已占全国食用农产品及加工产品商品总量的18%。
产品质量稳定可靠。
通过指导企业和农民专业合作经济组织落实标准化生产，加强全程质量控制，有效地保证了无公害农产品、绿色食品和有机食品产品质量，维护了品牌的公信力和信誉度。2004-2006年，无公害农产品产品质量抽检合格率平均保持在96%以上，绿色食品平均稳定在98%以上。
产业素质不断提升。
标准化基地建设和规模化生产取得较大发展，无公害农产品种植业产地规模平均已达万亩以上；全国14个省份119个县(场)已创建151个大型绿色食品原料标准化生产基地，面积4050万亩。产业主体实力进一步增强，通过无公害农产品、绿色食品和有机食品认证的各级农业产业化龙头企业已突破1000家，其中国家级龙头企业达到240家，占41.2%。产品结构逐步优化，地方特色产品以及园艺、畜牧、水产等具有出口竞争优势的劳动密集型产品比重有了较大幅度的提高。
品牌效应日益增强。
调查显示，超过50%的消费者首选无公害农产品、绿色食品和有机食品。2006年，无公害农产品、绿色食品和有机食品国内年销售额突破3000亿元，出口额超过30亿美元，约占全国农产品出口总额的10%。在部分大中城市，无公害农产品已成为市场准入的基本条件；绿色食品销售价格比普通产品平均高10-30%，部分产品高出1倍以上，80%的企业实现了增效，并带动农户实现了增收。